대남공작기구는 북한정권의 목표인 ‘전한반도의 적화통일’을 달성하기 위하여 이를 비밀리에 전문적으로 수행하는 기구이다. 북한은 조선노동당 직속으로 대남전략기구를 설치, 운영해왔다. 1960∼1970년대에는 대남폭력투쟁과 간첩남파를 통한 한국내 지하조직망 구성·유지 등의 공작을 병행하였다. 그러나 2000년 이후에는 남북경협, 대북지원 확보 등을 통한 실리확보에 주력하였다. 2009년 초 대남공작기구를 개편하여 국방위원회 소속 정찰총국, 당소속 통일전선부, 225부 등을 배치하였다. 2010년 이후에는 정찰총국을 중심으로 남남갈등, 국론분열을 획책하고 있다.