생물학적 지표는 특정 장소에 서식하는 생물의 종류로써 환경 오염의 정도를 알 수 있는 지표이다. 수질을 판정하는 기준은 물속에 사는 생물로 수질을 판정하는 생물학적 수질지표를 이용한다. 생물 변화는 판정이 쉽고 장기간에 걸친 오염의 영향을 알 수 있다는 장점이 있다. 대기오염의 유무는 지표식물을 이용하여 잎이나 줄기 등의 변화를 관찰하여 판단한다. 수질지표로는 민물에 사는 물고기가, 대기오염 지표로는 들깨나 지의류가 주로 사용된다. 환경지표에 이용되는 생물은 환경 변화에 민감하고 분포의 폭이 넓으며 관찰이나 취급이 용이한 종류를 선택한다.

수질오염은 인위적인 요인에 의하여 수질이 자연수의 성격을 상실한 상태이다. 점오염원과 비점오염으로 구별한다. 점오염원은 생활오염원, 축산폐수 등 오염 물질의 배출지점을 확실히 식별할 수 있다. 비점오염원은 배출지점을 확실하게 식별할 수 없거나 확산되면서 오염을 일으킨다. 이는 강수에 의한 유출로 넓은 면적에서 발생하며 발생영역은 산지, 농지, 도시권 등이 있다. 수질오염 측정 지표에는 BOD(생물학적 산소요구량), COD(화학적 산소요구량) 등이 있다. 수질오염에 의해서 어패류나 식물, 사람 등이 직접적·간접적 피해를 받는다.