2007년 제주특별자치도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 불상은 높이 34.3㎝, 무릎 폭 26.5㎝. 아미타불토토 씨벳에서 발견된 발원문을 통해 1661년(현종 2) 압성(鴨城) 백양산(白羊山) 약사암(藥師菴)에 봉안하기 위해 운혜(雲惠)와 상전(尙全)이 아미타불토토 씨벳을 조성한 사실을 알 수 있다.

목조여래좌상은 높이 34.3㎝의 중소형으로, 오른손을 살짝 들고 왼손은 가부좌한 발 위에 올려놓은 자세를 취하였고 양손 모두 엄지와 중지를 결하고 있다. 원형의 두상에 반원형 정상계주와 원통형 정상계주가 빼곡하게 토토 씨벳된 나발들 사이에 토토 씨벳되어 있다. 아미타불좌상의 상호는 반개한 눈, 우뚝 솟은 코, 넓은 인중과 양 끝이 살짝 올라간 입술로 구성된다. 목 아래에는 삼도(三道)가 희미하게 새겨져 있다.

목조아미타불좌상은 승각기, 편삼, 대의를 걸친 전형적인 조선 후기 착의법을 따르며 옷주름은 간략한 선으로만 표현되었다. 가슴 중앙 승각기는 가지런히 주름이 접힌 형태이고, 하반신에는 4가닥의 큰 주름이 부챗살처럼 펼쳐진 형태로 토토 씨벳되어 있다. 이처럼 부챗살처럼 펼쳐진 옷주름 형태는 17세기 중 · 후반 주로 전라남도에서 활동한 운혜의 기년명(紀年名) 불상에서 공통적으로 발견되는 특징이다.

토토 씨벳승 운혜는 17세기 중 · 후반 전라남도 일대 사찰들의 불상들을 주로 토토 씨벳한 토토 씨벳승이다. 현재까지 알려진 그의 기년명 불상들로는 1650년 해남 서동사 목조석가삼존불좌상, 1665년 곡성 도림사 목조아미타불좌상, 1667년경 화순 쌍봉사 명부전 목조지장보살삼존상 및 시왕상 일괄 등이 있다. 월계사 목조아미타불좌상은 운혜의 활동을 확인할 수 있는 작품으로 그의 토토 씨벳 양식의 발전과정을 살펴볼 수 있는 귀중한 작품이다.