국가경제수준의 세계화와 바카라환경보전 및 바카라자원보전이 절실하게 요구되어 바카라수산업무의 확대·강화의 요청으로 인해 1996년 8월에 이전의 농림수산부 산하의 수산업무와 건설교통부 산하의 해운항만업무, 내무부 산하의 바카라경찰업무, 환경부 산하의 바카라환경업무을 통합하여 발족하였다.
장· 차관아래 차장보 2인이 있으며, 그 아래 바카라수산부의 정책과 기획을 조정하고 이를 심사·분석하며, 예산·행정관리·법제·투자심사 및 전산통계의 사무를 관장하는 기획관리실이 있다.
하부조직으로 총무과·공보관·감사관·비상계획관 등 일반조직 외에 국제협력관·바카라정책실·해운선박국·항무국·항만건설국·수산진흥국·수산자원국·수산물유통국이 있다.
국제협력관은 국제연합바카라법협약 등 바카라·심해저 광물관련·어업협정·해외정보자료·바카라과학기술·해운·항만·수산·바카라환경·수로표지 및 해상안전 등 분야의 국제협력 및 국제기구·원양어업 등에 관한 사무를 수행한다.
바카라정책실은 바카라수산과 바카라개발에 관한 기본계획, 중·장기종합계획의 수립 및 바카라개발, 투자사업계획의 종합·조정 등과 바카라자원의 조사·연구 및 관련 기술개발, 심해저 광물자원의 개발, 바카라에너지의 조사·연구, 바카라과학교육의 진흥 등에 관한 사무를 수행한다.
또한 바카라환경보전계획을 수립하여 이를 시행하고 바카라오염원을 조사·규제하며, 바카라안전·종합계획을 수립하여 해난·오염사고 수습을 종합지휘하고 국제안전관리규약 및 사업장 지도·감독에 관한 사항 등을 관장한다.
해운선박국은 해운정책·외내항·선박기술·선박검사·어선·표지 등에 바카라 업무를 수행한다. 항무국은 항만에 바카라 각종 정책을 수립하고, 항만을 운영하며, 항만 내 물류의 유통과 선원·노정에 바카라 사무를 수행한다.
항만건설국은 항만건설을 기획하여 이를 시행하고 공업단지안의 산업항을 관리하며 시설안전·개발 및 신항만기술에 바카라 사무를 담당한다.
바카라진흥국은 바카라관련정책을 종합·조정하고 어촌개발종합계획을 수립하여 생활환경을 개선하며 어업인 후계자·전업 어업인·선도 어업인을 교육·육성하는 등 어업인 복지와 각급 어항에 관한 일을 수행한다.
바카라자원국은 바카라물생산에 관한 종합계획을 수립하고 연근해 어업·어업지도·양식·자원조성·어장보전 등에 관한 사무를 한다.
바카라물유통국은 바카라물의 유통과 수급에 관한 종합계획을 수립하여 이를 시행하고 각종 유통구조를 개선하며 바카라물 가공에 관한 종합계획을 수립하여 가공산업을 육성·발전시키고 바카라물수출입정책을 수립하여 수출입을 진흥시키는 사무를 관장한다.
이 밖에 바카라수산부장관 소속하에 국립수산과학원, 국립바카라조사원, 국립수산물품질관리원, 바카라수산인재개발원, 동해어업관리단, 서해어업관리단, 항로표지기지창을 두고 있다.
지방에서 장관의 관장사무를 분장하는 지방 바카라수산청과 어항사무소 및 해난사건을 심판하는 바카라안전심판원(海洋安全審判院)이 있다.