대한불교조계종 제21교구 본사인 송광사(松廣寺)의 말사이다. 신라 경문왕 때 철감바카라 대출 디시(澈鑒禪師)가 중국에서 귀국하여 산수의 수려함을 보고 창건하였다. 철감바카라 대출 디시의 법력과 덕망이 널리 퍼지자 왕이 궁중으로 불러 스승으로 삼았다고 하며, 창건주 철감바카라 대출 디시의 도호(道號)가 쌍봉이었으므로 사찰명을 쌍봉사라 하였다고 한다.

847년(문성왕 9)에 귀국한 철감바카라 대출 디시는 이 절에서 선문9산의 하나인 사자산문(獅子山門)의 기초를 마련하였고, 이곳에서 그의 종풍(宗風)을 이어받은 징효(澄曉)가 영월의 흥녕사(興寧寺)에서 사자산문을 개산(開山)하게 되었다.

창건 이후 퇴락한 절을 1081년(문종 35)에 혜소국사(慧昭國師)가 창건 당시의 모습대로 중건하였고, 공민왕 때 전라도관찰사 김방(金倣)의 시주로 중창하였다. 조선시대에는 절의 땅을 면세해 주었으며, 임진왜란으로 소실된 뒤 1628년(인조 6)에 중건하였고, 1667년(현종 8)과 1724년(경종 4)에 중창하여 오늘에 이르고 있다.

중요바카라 대출 디시유산으로는 1962년 국보로 지정된 철감선사탑과 1962년 보물로 지정된 철감선사탑비가 있고, 1963년 보물로 지정된 쌍봉사 대웅전이 있었다. 철감선사탑은 우리나라 석조 부도 중 가장 기묘하고 아름다운 우수한 작품이라고 하며, 868년(경문왕 8)경의 작품으로 추정된다. 철감선사탑비는 신라 말 작품으로 비신은 없어지고 귀부(龜趺)와 이수(螭首)만 남아 있으나, 그 조각의 우아함은 당대의 명작이다.

대웅전은 1962년 해체공사 때 3층 중도리에서 1690년(숙종 16)의 두번째 중건에 이어 1724년에 세번째 중건된 사실이 기록되어 있는 상량문이 나왔다. 그리고 최근까지 대웅전으로 사용되었던 3층각은 원래 대웅전 건물이 아닌 탑이었다고 전한다.

총 높이 12m의 정방형 3층 건물인 이 대웅전은 상륜부를 제외하고는 우리나라에서 3층목탑의 모습을 전하고 있는 유일한 건물이었으나, 1984년 4월 초에 촛불로 인한 실화로 소진되었다. 이 밖에도 이 절에는 1984년 전라남도 바카라 대출 디시재자료(현, 바카라 대출 디시유산자료)로 지정된 쌍봉사 극락전과 명부전 · 요사채 등의 당우들이 있다.